Орден 66 беше заповедта, която канцлерът Палпатин даде на Великата армия на републиката в Епизод III: Отмъщението на ситците. Това беше една от няколко заповеди за действие при извънредни ситуации, дадени на Клонистките войски, които те бяха обучени да следват без съмнение в случай на спешност. Заповед 66, която можеше да бъде изпълнена само по директната команда на Палпатин, призова войските Клони да убият своите джедайски водачи. Очевидно на мястото, за да попречи на джедаите да се обърнат срещу републиката, Орден 66 наистина е бил планът на Палпатин да премахне джедайския орден, за да могат ситите да поемат властта.

Във Вселената: Поръчка 66 гласи:

В случай че офицерите от джедаите действат срещу интересите на републиката и след като получат конкретни заповеди, потвърдени като идващи директно от Върховния главнокомандващ (канцлер), командирите на GAR ще отстранят тези офицери със смъртоносна сила и командването на GAR ще се върне към Върховен главнокомандващ (канцлер) до създаването на нова командна структура.

Когато е издадена Заповед 66, редица Клонистични войници смятат, че това е фалшива заповед и започват да защитават джедаите, вместо да ги убиват. Няколко други джедаи оцеляха, като убиха атакуващите Клонисти войски.

Дарт Вейдър ръководи кампанията за издирване и убиване на повечето от оцелелите през годините след Орден 66. Това имперско унищожение на джедаите е известно като Голямата чистка на джедаите. Над 100 джедаи и бивши джедаи се скриха и оцеляха през цялата Чистка; например Йода и Оби-Ван Кеноби оцеляха, като отидоха в изгнание на отдалечените планети Дагоба и Татуин.